Jak is terug. De langorige Jak en zijn harige helper Daxter zijn terug in een nieuwe reeks futuristische avonturen, maar deze keer is er iets veranderd aan onze held... De game gaat verder waar het origineel eindigde: in Jak II stapt het duo door een tijdspoort regelrecht de problemen in.

Jak wordt gearresteerd door schurken in een rood pakje die de bevelen opvolgen van de mysterieuze Baron Praxis. Daxter blijft in zijn eentje achter en probeert hulp te zoeken om zijn vriend uit de penarie te helpen. Twee jaar later wordt Jak eindelijk bevrijd door zijn erg laat opduikende kleine vriendje, en ze gaan samen op weg op zoek naar gerechtigheid en een manier om weer in hun eigen tijd terecht te komen.