Pokémon Sun en Pokémon Moon spelen zich af in de regio Alola, centraal gelegen tussen vier tropische eilanden en een kunstmatig aangelegd eiland. Veel Pokémon die nog niet eerder gezien zijn, bevolken de weelderige eilanden van de Alola-regio. Het verhaal begint dadelijk nadat het hoofdpersonage op weg gaat naar de Alola-regio. Spelers kunnen kiezen of ze een mannelijke of vrouwelijke held willen spelen en kunnen naam en uiterlijk van hun personage aanpassen. Zodra ze zijn aangekomen, start het avontuur en ontmoeten zij vele fascinerende mensen op hun tocht door de regio.