Dit geheel nieuwe avontuur in het Pokémon-universum laat de speler net als in de voorganger in een Pokémon veranderen. Nadat op mysterieuze wijze is besloten welke Pokémon de speler zal worden en een partner-Pokémon is gekozen, begint een langdurige expeditie door tal van kerkers vol vijanden, valstrikken en andere verrassingen.

Tussen de kerkers door kan de speler even bijkomen in bijvoorbeeld Treasure Town en Pokémon Plaza, waar hij nieuwe Pokémon kan rekruteren, voorwerpen kan aanschaffen of nieuwe aanvallen kan leren en combineren. De twee versies van dit spel verschillen enigszins qua verhaal en aanwezige Pokémon, maar zijn in hoofdlijnen aan elkaar gelijk. Het spel ondersteunt volledige touchscreen-besturing en de mogelijkheid om gegevens uit te wisselen via draadloze communicatie of de Nintendo Wi-Fi Connection.

# Een nieuwe turn-based RPG in het Pokémon-universum, inclusief de allernieuwste Pokémon (vierde generatie).
#
# Beantwoord aan het begin van het spel de persoonlijke vragen om in één van zestien mogelijke Pokémon te veranderen, en kies vervolgens zelf je partner-Pokémon.
# Kleurrijke presentatie vol grappige animaties en details waar de fans van zullen smullen.
# Kies voor een traditionele besturing met de actieknoppen of volledige touchscreen-besturing.
# Diverse mogelijkheden om met andere spelers te communiceren (via draadloze communicatie, Nintendo Wi-Fi Connection of passwords), bijvoorbeeld om voorwerpen uit te wisselen of teams van andere spelers te redden.