In een land ver hier vandaan, diepgeworteld in de oude Perzische mythologie, is de prins verwikkeld in een epische strijd tussen de oerkrachten van licht en duisternis: de God van het Licht, Ormazd versus zijn broer Ahriman, de God van de Duisternis. De prins komt net op tijd om getuige te zijn van de vernietiging van de legendarische 'Tree of Life'. Door deze verschrikkelijke daad dreigt de hele wereld in eeuwige duisternis te vervallen. Samen met zijn nieuwe metgezel Elika bindt de prins in Prince of Persia de strijd aan met 'the Corruption'; een donkere stof die -na de vernietiging van de Tree of Life- de lucht en de aarde onherstelbare schade toebrengt. Slijp je messen en bind samen met Elika, je dodelijke metgezel, de strijd aan met het kwaad en bescherm de wereld tegen 'the Corruption'!